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検証内容を順番に箇条書きします。
１． M8PeY 1TBを分解後、U.2-PCIE変換に刺してX99-E WSのHyperKit経由で接続したのですが、連続リード800MB/s程度しか出ませんでした。
２． HyperKitを疑ってMAXIMUS VIII IMPACTのU.2端子に繋いでも同じ
３． 変換ボードが壊れているのを疑って、変換ボードは2つあるのでもう一方を使ってみるも変わらず。
４． M8PeY 1TBのU.2 SSDだけを玄人志向のM.2-PCIEアダプタに繋いで検証したところ2000MB/s以上が出たのでSSDも壊れていない模様。
５． U.2変換ボードにSamsung 950 PRO 512GB版を挿してMAXIMUS VIII IMPACTのU.2端子に繋いでみたところ2000MB/s以上出ました。
６． M8Pe無印の256GB版をU.2変換に刺してMAXIMUS VIII IMPACTのU.2端子に繋いでみたところ500MB/sしか出ませんでした。
以上の結果から考えると、どうやらM8Peシリーズ一般にU.2変換ボードと一緒に使った時に速度が出ない疑いが……。デバイスマネージャーから確認したところNVMe SSDとしてはちゃんと認識されているようでした。マジか。原因がわからぬ。
ひとまずAquaのPCIEアダプタが2個余っているので当面はこれを使うしかないようです。x8スロットでx4しか使えないのがもったいない。とりま代理店とメーカーにそれぞれお問合せしてみました。
【追記１】
その後、X99-E WSのHyperKitで何度も試してみたところ、U.2変換とM8Peでも正常動作を確認できました。
起動直後のOROM表示を録画していたので確認したところ、2000MB/s以上で正常に動作したときは、下画像のようにPCI接続がGEN3.0 x4になっていました。
しかし9割以上の確率でGEN1.0 x4で接続されてしまい、その時に800MB/sになるようです。
PCI接続がGEN3.0かGEN1.0になるかはPOST段階ですでに決まっているようなので、OS以降のソフトウェア原因という可能性は排除できました。
また1度2000MB/sで動作した時には「CDM測定→2000MB/s以上を確認→（数回繰り返し、その他ベンチでも問題なし）→再起動→CDM測定→800MB/sを確認」という具合でした。ハードの影響も薄そう？
同様にX99-E WSのHyperKit経由U.2変換でSamsung 950 Proを使ってみたところ、こちらは5回ほど試して全て2000MB/s以上となり、GEN3.0で接続されているようでした。
BIOSより前のPOST段階でGEN1.0かGEN3.0どちらかで認識されるかが問題のようでして、M8Peを使った場合はごく稀にGEN3.0で認識され大半はGEN1.0で認識されます。
M8PeをPCI-Eアダプタで使用した場合はほぼ100％でGEN3.0で接続されました。（ほぼとは言っていますがGEN1.0は未確認）
これまでの検証結果を考えるとアダプタ原因っていう気はあまりしません。
可能性的には、U.2接続時、
・BIOSのPOST時のハードウェア検出に問題がある
・M8Peに問題がある
の2つのうちどちらかが濃厚な気がします。
ただX99-E WSだけでなく、MAXIMUS VII IMPACTでも発症しているのでM8Peの問題のような気も。
ASUS以外の他社製マザボでも確認が必要そう……。しんどい。
Plextorからも簡単に問い合わせの返答があったので、とりあえず上の内容をまとめて「POST段階で問題が発生してるみたい」という趣旨で再度問い合わせメールの返信しました。
【追記2】
「Supermicro AOC-SLG3-2E4」というPCIE x8→U.2*2変換ボードが届きました。
早速、今回はベンチ機に接続。
残念ながらM8IのU.2コネクタやX99-E WSのHyperkit経由の接続同様にM8Peの場合はGEN1.0接続、Samusung 950 Proの場合はGEN3.0で接続（2500MB/ｓ以上出た）となりました。
ASRock Z170M OC Formula(BIOSは9月12日時点の最新)と「Supermicro AOC-SLG3-2E4」の組み合わせでも接続規格の問題が発生しています。マザーボードをASUS、ASRockと複数ベンダーのマザーボードや接続方法でSamusug 950 Proでは発生せず、M8Peのみでほぼ必ず問題が発生しているので、やはりM8Peに原因があるようです。
【追記3】
コメント欄から情報をいただいてaddonics製の変換パーツを個人輸入しました。
U.2-PCIEアダプター：http://www.addonics.com/products/adsf8643px4.php
M.2-U.2変換ボード：http://www.addonics.com/products/ad25m2u.2.php
M8Peを使って以下で試してみました。（U.2ケーブルはMicro SATA Cables製で統一）
addonics製「M.2-U.2変換ボード」＆addonics製「U.2-PCIEアダプター」 → 2000MB/ｓ超で正常動作
addonics製「M.2-U.2変換ボード」＆Supermicro AOC-SLG3-2E4 → 2000MB/ｓ超で正常動作
Micro SATA Cables製「M.2-U.2変換ボード」＆Supermicro AOC-SLG3-2E4 → Gen1病発症
以上の結果からGen1病の原因はM8PeとMicro SATA Cables製「M.2-U.2変換ボード」の相性問題だったようです。
とりあえずSupermicro AOC-SLG3-2E4が不具合の原因にならなくてよかった。
addonics製「M.2-U.2変換ボード」はトップカバーがないのでサーマルパッド経由で冷却補助ができないため、とりあえずカバーを自作するためアルミ板をぽちりました。2mm厚くらいならカッターとホビー向けのドリルでも加工できるようなので。
（注：記事内で参考のため記載された商品価格は記事執筆当時のものとなり変動している場合があります）
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